شش ماه پس از وقایع مانگا اصلی Yu-Gi-Oh!، یوگی موتو و دوستانش در آخرین سال دبیرستان خود هستند و در مورد آنچه می خواهند در آینده انجام دهند صحبت می کنند. در همین حال، ستو کایبا دستور حفاری برای بازیابی پازل مختل شده میلیونیوم در "معبد دنیای زیرین" را صادر کرده بود. آن وسیله قبلاً خانه روح رقیب او، آتم بود، که کیبا می خواست او را احیا کند تا مسابقه خود را به پایان برساند.